ההלכה הפסוקה קובעת כי המונחים "זכות במקרקעין" ו"מכירה", כהגדרתם בחוק מיסוי מקרקעין, אינם זהים להגדרתם בדין הכללי. לדוגמה, בחוק מיסוי מקרקעין, "זכות במקרקעין" כוללת גם זכות במקרקעין שנרכשה במסגרת עסקת קומבינציה, בעוד שבדין הכללי, זכות במקרקעין כוללת רק זכות במקרקעין שנרכשה במסגרת עסקת קנייה.

‍

הבדל נוסף בין המונחים בחוק מיסוי מקרקעין לבין המונחים בדין הכללי הוא הגדרת "מכירה". בחוק מיסוי מקרקעין, "מכירה" כוללת גם העברת זכות במקרקעין ללא תמורה, בעוד שבדין הכללי, "מכירה" כוללת רק העברת זכות במקרקעין תמורת תמורה.

‍

ככלל, כאשר מדובר ב"רווח הון", מוענקת הבכורה לחוק מיסוי מקרקעין, כך שה"שבח" יחויב במס בהתאם לחוק מיסוי מקרקעין ולא כ"רווח הון" בהתאם להוראות פקודת מס הכנסה. בעוד שכאשר מדובר בהכנסת פירות, תחויב ההכנסה במס על פי הוראות פקודת מס הכנסה, ולא על פי חוק מיסוי מקרקעין.

‍

חוק מיסוי מקרקעין ופקודת מס הכנסה קובעים את היחס בין הוראותיהם, ואת סדר הקדימות בין הוראות המיסוי שנקבעו בהם, במטרה למנוע כפל מס.

‍

סעיף 50 לחוק מיסוי מקרקעין קובע כי מכירת זכות במקרקעין או פעולה באיגוד שהריווח מהן נתון לשומה על פי הפרק הראשון לחלק ב' לפקודת מס הכנסה, תהא פטורה ממס. פטור זה יינתן לאדם שימציא למנהל אישור בדרך שתיקבע בתקנות, כי הריווח מאותה מכירה או מאותה פעולה באיגוד נתון לשומה לפי פקודת מס הכנסה.

‍

האישור מותנה בהגשת בקשה לפקיד השומה. ככל שקיבל הנישום את האישור מפקיד השומה, עליו לצרף אותו למנהל, ביחד עם ההצהרה על מכירת זכות במקרקעין.