[הבהרה: ההלכה הפסוקה בקשר לחיוב בכפל מס לפי סעיף 50 (א) לחוק מע"מ הוא בבחינת סנקציה אזרחית-מנהלית שנועדה לשרת שתי תכליות עיקריות: האחת, עניינה בהשבת המצב לקדמותו, במובן של העמדת מצבה של הקופה הציבורית במקום שבו הייתה אלמלא הונפקה החשבונית בניגוד לדין; והשנייה, עניינה בהרתעת הרבים באמצעות התשלום הכפול, וזאת כדי למנוע לכתחילה הנפקה של חשבוניות בניגוד לדין].

לצד החיוב בכפל מס המוטל מכוח מצוות המחוקק, מקנה הוראת סעיף 100 לחוק מע"מ סמכות לוותר על רכיב הכפל, או להפחיתו, מטעמים מיוחדים שיירשמו. סמכות זו משמשת כחריג לכלל הקבוע בסעיף 50 (א) לחוק, והיא מוגבלת אך לרכיב הכפל, לרכיב שערוך החיוב ולהוצאות האכיפה. לאמור, אין זה בסמכותן של רשויות המס לוותר או להפחית מסכום הקרן.

לשון ההוראה – "מטעמים מיוחדים שיירשמו", ופסיקת בית משפט זה, מלמדים כי יש לעשות שימוש זהיר ומצמצם בסמכות לפי סעיף 100 לחוק השמורה למקרים חריגים בלבד, שבהם הוכח כי "חשבונית המס לא הונפקה בכוונת מרמה או מתוך ניסיון להונות את רשויות המס". כך למשל: כאשר החשבונית הוצאה מחמת שגגה או אי-ידיעה, או כאשר העוסק שילם את המס הנובע מהחשבונית או מקרים בהם נחלשת התכלית ההרתעתית שבהטלת כפל מס.