סעיף 4 לחוק מע"מ מסדיר את נושא הטלת מס על מלכ"רים ומוסדות כספיים וקובע את שיעורו. סעיף 4(א) לחוק הדן במס שכר המוטל על מוסדות ללא כוונת ריווח. תכליתו של מס השכר היא למסות את הערך המוסף של המוסד ללא כוונות רווח המתבטא בשכר אותו משלם מוסד זה לעובדיו (ע"א 767/87).

‍

"על פעילות בישראל של מוסד ללא כוונת ריווח יוטל מס שכר באחוזים מהשכר ששילם, כפי שקבע שר האוצר בצו באישור הכנסת".

‍

בהתאם לנוהל 1/2017 שפרסם מנהל מע"מ, עמותה המבקשת לשנות את סיווגה באופן חלקי או מלא לסיווג של עסק, נדרשת לפעול לשם קבלת אישור המשיב ואף לשלם מס עסקאות בהתאם. לעמדת בית המשפט, לא יעלה על הדעת, כי נישום יחשיב עצמו וירשם כמלכ"ר לצורך מס ערך מוסף, ובהתאם לכך אף לא ישלם מס עסקאות, אך מנגד יטען כי יש לראותו כ"עוסק", באופן מלא או חלקי, לצורך הימנעות או הקטנת חבותו בתשלום מס שכר. התנהלות זו, על פניה, נגועה בחוסר תום לב חמור ויש לדחותה. על האמור נבהיר, כי לעמדת בית המשפט הטענה ל"מלכ"ר מיוחד" חסר כל עיגון בחוק מע"מ והיא אף מביאה ל"עיוות קשה בהטלת המס".

‍