בהתאם לסעיף 1 לפקודה אגודה שיתופית הינה חברה, ומשכך על דרך הכלל היא תחויב במס בגין הכנסותיה כפי שמתמסה חברה (שלב ראשון מס חברות ברמת האגודה השיתופית ושלב שני מס על הדיבידנד ברמת חבריה).

יחד עם זאת, הפקודה קובעת הוראות ספציפיות למיסוי הכנסת האגודה השיתופית:

סעיף 9(3) לפקודה, מעניק פטור ממס להכנסת אגודה.

סעיף 62 לפקודה, מאפשר למסות את הכנסתה של האגודה השיתופית בהתאם להוראות המס החלות על שותפות (מיסוי ההכנסה שהפיקה האגודה השיתופית בידי חברי האגודה, בהתאם לשיעורי המס החלים עליהם). 

סעיף 17(9) לפקודה, מאפשר מיסוי חלק יחסי מההכנסה של האגודה בידי חבריה (באותם תחומים בהם קיימות עסקאות בין האגודה השיתופית לחבריה וככל שההכנסה שולמה בפועל לידי החברים).  

סעיף 129 לפקודה, קובע שיעור מס מופחת בגובה 20% (שיעור מס חברות הינו 23%) להכנסת אגודה שיתופית. 

נבהיר, כי כל אחד מהסעיפים לעיל קובע תנאים/ מגבלות להחלת הסעיף.