הפקודה אינה קובעת את דרך הגשת הבקשות לתיקון השומה וכי במהלך השנים התגבשה הפרקטיקה על-פי הפסיקה וגובשה באמצעות הוראת הביצוע של רשות המיסים 3/2018 שעניינה "אופן הטיפול בבקשת נישום לתיקון דו"ח על ההכנסות שהוגש על ידו לפקיד השומה". ממכלול ההוראות שנקבעו עולה מסקנה ברורה אחת – הגשת בקשת תיקון על-ידי נישום אינה זכות מוקנית וכי הכרעה בבקשה שכזו מסורה למשיב אשר צריך לבחון את נסיבות הגשת הבקשה ואת מכלול הטענות שעולות במסגרתה.

” לנישום לא קיימת זכות מוקנית או אוטומטית להגיש דו"ח מתקן לדו"ח המקורי שמסר.. הגיונו של דין זה ברור מאליו – דו"ח השומה שמוסר נישום אינו דו"ח ראשוני אשר אפשר שיהא נתון ל"מקצה שיפורים", אלא הוא דו"ח סופי ומוגמר אשר מהווה סופו של תהליך של הערכת הכנסות והוצאות שנעשתה על-ידי הנישום בכובד הראש הראוי ותוך הקפדה על דיווח אמיתי ומקיף. עם זאת, אין מדובר ב"מיטת סדום". יהיו מקרים בהם תותר הגשתו של דו"ח מתקן כל עוד לא הוצאה לנישום שומה בידי פקיד השומה. כך, מדיניות נציבות מס הכנסה היא לאפשר הגשת דו"חות מתקנים במקרים בהם נפלו בדו"ח המקורי טעויות סופר או טעויות חשבונאיות שנעשו בתום לב. בית המשפט בפרשת אלוני מציין, כי בתי המשפט המחוזיים נחלקו ביניהם בשאלה מהם המקרים הנוספים שבהם תותר הגשתו של דו"ח מתקן, וכי שאלה זו טרם התבררה עד תומה בפני בית משפט זה.. עם זאת ברי, כי את האפשרות להגיש דו"ח מתוקן יש לייחד למקרים נדירים ומוגבלים.”