[הבהרה: בהלכה הפסוקה הודגש כי הליך ה"הפקעה", או ה"נטילה" הוא הליך דו- שלבי, הגורם לפגיעה כפולה בנפקע ובמקרקעין. תחילה נפגע ערך המקרקעין בעקבות פרסום תכנית לשינוי הייעוד של המקרקעין, ולאחר מכן נגרמת פגיעה נוספת עקב ההפקעה עצמה. כפועל יוצא עוגנה בהלכה הפסוקה ההכרה במנגנון פיצוי דו- שלבי, המבחין בין הפיצוי בגין הפגיעה במקרקעין לבין הפיצוי בגין הפקעתם. למותר לציין, כי תורת הפיצוי הדו- שלבי אינה מוגבלת להפקעות שבוצעו על פי חוק התכנון והבניה בלבד, והיא חלה גם כאשר בוצעה ההפקעה מכוח חוק אחר].

דיני המס השונים עוסקים בפיצוי המשולם בגין הפקעה מבלי להתייחס במפורש לשלבי ההפקעה השונים: שינוי הייעוד וההפקעה גופה. לא למותר לציין כי הפקעת מקרקעין שלא משולם בגינה פיצוי, אינה נחשבת כאירוע מס, והיא אינה מחויבת במס בדרך כלשהי.

שאלת חיובו במס ערך מוסף של פיצוי המשתלם עקב שינוי ייעוד הקרקע, מכוח סעיף 197 בחוק התכנון והבנייה נדונה בפרשת כפריס. כב' השופט ע' פוגלמן מצא בפרשת כפריס, על יסוד פרשנות לשונית ותכליתית כאחד, שאין לראות בפיצוי המשולם לפי סעיף  197בחוק התכנון והבנייה משום פיצוי בגין הפקעה , שכן לא מדובר בפיצוי בגין עסקת מכר החייב בתשלום מס ערך מוסף, גם אם המקרקעין מיועדים בסופו של יום להפקעה.

השאלה האם הפיצוי שניתן בשלב הראשון בגין שינוי ייעוד הקרקע הוא בגדר פיצוי הפקעה, נבחנת על בסיס מאפייניו של הפיצוי, לרבות האופן שבו הוגדר הפיצוי על- ידי הצדדים בהסכם ביניהם. הווה אמר - מאפייני הפיצוי הספציפיים מהווים אפוא את נקודת המוצא לבחינת טיבו של הפיצוי וחבות המס הנגזרת ממנו. כפי שצוין בפרשת כפריס, קיים משקל ממשי להגדרת הפיצוי בהסכמים בין הצדדים בדבר אופי הפיצוי. הלכת כפריס חלה אפוא על פיצוי ששולם בגין שינוי הייעוד בלבד, במנותק מהפיצוי המשולם בגין ההפקעה עצמה, בשלב הראשון של הפיצוי הדו שלבי . בנסיבות פרשת כפריס קבע בית המשפט העליון כי נוכח מנגנון הפיצוי הדו -שלבי הנהוג בהפקעות, תשלום פיצוי בשלב הראשון אינו מהווה פרדה מלאכותית של הפיצוי, אף לא ראה לנכון לקבוע כי מבחינה מהותית מדובר בפיצוי בגין הפקעה.